Emmaus als Name für ein Kloster klingt gewiss ungewöhnlich. Sein eigentlicher Patron ist St. Hieronymus. Wie es der Zufall wollte, kamen 1348 Kaiser Karl IV. und der Prager Erzbischof an dem Tag zur Einweihung, als das entsprechende Evangelium vom Gang der Jünger nach Emmaus gelesen wurde, Seitdem sprach man nur noch vom Emmaus-Kloster.

Die Post Tschechiens hat am 3. September 2008 zur PRAGA 2008 eine Briefmarke im Wert von zehn Kronen heraus gegeben, die uns die Abteikirche mit dem eigenartigen Turmpaar zeigt. Auf einer Marke vom 30. Mai 1978 war sie hinter der Palacky-Brücke zu sehen. Auf fast allen Bildern von Prag ist die Kirche nicht zu sehen, da sie südlich der Altstadt am rechten Ufer der Moldau am Weg (in der Vysehradská) nach Vysehrad liegt. Kaiser Karl IV., auch König von Böhmen, hat die Abtei für slawische Benediktiner gegründet, die die römische Liturgie in der altkirchlich-slawischen Sprache feierten. Er wollte mit diesem Kloster vor allem mit Rücksicht auf die Balkanländer der Ökumene dienen.

Die Hussiten-Kriege, die bis 1471 dauerten, unter denen auch die Abtei Emmaus schwer zu leiden hatte, machten sein Vorhaben jedoch zunichte. Nach der Vertreibung der Mönche leiteten Kommendataräbte das Kloster, das von 1519 bis 1589 Sitz einer Kurie "gemäßigter" Hussiten war . 1593 wurde Emmaus den Benediktinern zurück gegeben. Mönche von Brevnov erneuerten unter großen Opfern das Kloster. Die Zahl der Mönche ging jedoch zurück, so dass 1635 Ferdinand III. deshalb auf den Rat des spanischen Beichtvaters seiner Frau das Emmaus-Kloster der katalanischen Abtei Montserrat übergab. Spanische Mönche von hier bezogen die Abtei Emmaus. So kamen von Emmaus auch spanische Benediktiner nach Wien, die hier das Priorat der Schwarzspanier gründeten. Für die tschechischen Mönche gründete der Kaiser die Abtei St. Nikolaus in der Altstadt von Prag.

Die Abtei Beuron in Deutschland wurde 1875 im Kulturkampf geschlossen. Ihre 80 Mönche fanden erst Zuflucht in Volders in Tirol und kamen dann 1880 nach Emmaus, das ihnen der Prager Erzbischof, Kardinal Franz von Schwarzenberg, zur Verfügung stellte. Die Abtei wurde erneut Mittelpunkt geistlichen Lebens und der liturgischen Reform. Von hier wurde 1883 die Abtei Seckau in der Steiermark gegründet. Die Beuroner konnten fünf Jahre später wieder in ihr Stammkloster zurück kehren.

Im Juli 1941 besetzte die Gestapo Emmaus. Die von den Nazis vertriebenen Mönche kamen z. T. ins KZ nach Dachau, wo ihr Abt Amond im Juli 1942 starb. Ein Luftangriff zerstörte am 14. Februar weitgehend die Abtei. Die Mönche begannen, sie nach Kriegsende wieder aufzubauen, bis zur Vertreibung 1950 durch die Kommunisten. Ihr Prior P. Martin Schaller starb an den Folgen der Folter im Gefängnis. Erst 1990 konnten die Benediktiner zurückkehren.

Die 1374 eingeweihte Kirche war ein Hallenbau. Bei der Renovierung wurde der zerstörte obere Teil ihrer Westfassade mit zwei spitzen Türmen durch eine moderne Konstruktion aus Beton (1966/1969) ersetzt. Beide Marken zeigen über dem renovierten unteren Teil mit den drei Fenstern den neuen Giebel und die zwei auffälligen Türme. Dahinter ist das Dach des Kirchenschiffs mit dem Dachreiter zu erkennen. Im Kreuzgang entstand im 14. Jh. die großartigste Freskenmalerei Böhmens. 79 Bilder zeigten jeweils oben Szenen aus dem Leben Jesu, denen darunter Szenen aus dem Alten Testament gegenüber gestellt wurden. Im Osttrakt des Kreuzgangs waren die Fresken ganz verschwunden. In den anderen Trakten sind sie meist schlecht und auch nur teilweise erhalten.